Este servicio regular fue el primero reimplantado en el país después de la total supresión de los trenes de pasajeros el 2 de enero de 1988. Comenzó a prestarse el 11 de enero de 1993, empleándose dos coches motores Brill 60 (122 y 123) de 1936 con motores diesel Cummins instalados entre 1959 y 1961. La empresa privada Ferrotransporte S.A. pagaba a AFE US$ 180 por día por la corrida del tren ida y vuelta sobre los 118 km. de la línea, proporcionaba los guardas y se encargaba de la limpieza de los vehículos, impresión de boletos y administración del servicio. El 20 de agosto de 1993, los coches motores fueron enviados a Peñarol para su utilización en la línea Montevideo-25 de Agosto, reimplantada el 26 de agosto siguiente. En su lugar se comenzó a utilizar dos coches Allan (posteriormente 3) arrastrados por locomotoras, lo que elevó los costos operativos para AFE, incrementó el tiempo de trayecto (de 2h 40 a 3h 10, 3h 25 y finalmente a 3h 45) debido al mal estado de las vías y deterioró la presentación del servicio (problemas en ventanillas y luces). En octubre de 1994 un coche Fiat fue enviado ya que desperfectos en los coches holandeses hacían peligrar la continuidad del servicio. Otro coche Fiat reemplazó al último Allan en diciembre de 1994. El 8 de abril de 1995 el tren con locomotora fue reemplazado por los coches motores, pero conservando el tiempo de viaje de 3h 45 sin justificación ya que se debía permanecer largo tiempo en las estaciones para cumplir con el horario.

El 6 de enero de 1997 el servicio fue suspendido ante la finalización del contrato con la empresa Ferrotransporte y el desinterés por ambas partes de renovar el mismo. El 3 de marzo de 1997 los coches motores volvían a unir Tacuarembó con Rivera gracias a un acuerdo entre AFE y las Intendencias Municipales de Tacuarembó y Rivera las cuales subsidiarían el eventual déficit. El tiempo de viaje se redujo a 3h 10.

El 31 de diciembre de 1998 AFE suprimió nuevamente el servicio, el cual fue restablecido el 26 de abril de 1999, suprimido el 31 de diciembre de ese año y reimplantado nuevamente el 13 de marzo de 2000. Esto se debió a la imposibilidad de la empresa estatal de abatir los costos operativos y aumentar el número de pasajeros, sumándose a ello una equivocada asignación de costos que inviabiliza su explotación económicamente equilibrada. Las Intendencias, por motivos económicos, nunca pudieron cubrir el déficit generado por el servicio prestado por AFE.

El 7 de diciembre de 2000 el servicio fue suprimido, esta vez debido a la salida de servicio del ultimo de los tres coches motores Brill por desperfectos en la caja de velocidades. Los otros dos se hallan fuera de servicio esperando reparacion desde mediados de ese año.

La mayor parte de la enrieladura data de la fecha de construcción de la línea (1890/91), lo que significa rieles cortos y de bajo peso (10 m, 30 kg./m). El servicio sobre la línea se ha visto afectado varias veces por el descarrilamiento de trenes de carga. Además, en enero y febrero de 1998 la línea estuvo cortada en varios lugares por inundaciones. Las reparaciones obligaron a renovar balasto y durmientes en los lugares más críticos. No obstante, nunca hubo un descarrilamiento de un tren del servicio de pasajeros desde 1993 a pesar de haberse operado con maquina y coches (más pesados, entre 140 y 228 toneladas en total contra 23 toneladas de un coche motor) entre 1993 y 1995. Se piensa renovar todo el tramo con los rieles de 50 kg./m llegados de Rusia en 1998 y 1999. El estado de los puentes es bueno, uno de ellos fue arrasado por las aguas el 31 de diciembre de 1984 ocasionando el descarrilamiento de un tren mixto. Ese puente fue sustituido por uno provisorio, siendo inaugurado el definitivo (de hormigón) en 1989.

La línea férrea sirve varias poblaciones pequeñas y una ciudad. Ninguna estación intermedia esta situada sobre una carretera directa hacia alguna de las ciudades capitales, los servicios de ómnibus son escasos y los caminos de acceso están en muy mal estado. La única estación con buen acceso carretero es Tranqueras. Pueden distinguirse dos flujos de trafico diferentes: de Tacuarembó hacia Tranqueras y de Tranqueras hacia Rivera y viceversa. El numero de pasajeros que recorren toda la línea es escaso, aunque podría aumentar si se modernizara el material (renovación de los Brill en primera etapa), se hiciera promoción (principalmente desde el punto de vista turístico) del servicio y se mejorara la vía para llegar finalmente a un tiempo de viaje mínimo de 2h 30. Este ultimo objetivo será fácilmente alcanzable después de la renovación de los mas que centenarios rieles, debiendo plantearse como objetivo final un tiempo de 1h 30. En segunda etapa, se prevé la reimplantación del servicio de pasajeros entre Tacuarembó y Tambores o Piedra Sola vía Valle Edén.

El tramo Tranqueras-Rivera tiene potencial para implantar un servicio regional mas frecuente en adición al servicio de toda la línea. Pueden incrementarse los ingresos mediante la tarificación de las encomiendas voluminosas y la implantación de un abono estudiantil en lugar del transporte gratuito. En lo que respecta al contrabando, se tomarían medidas en la estación de Rivera para que todos los pasajeros atraviesen el control de la aduana así como permitir solo dos bolsos de mano por pasajero. Las encomiendas serian revisadas por la autoridad competente en el momento de ser despachadas.

El proyecto Líneas Férreas Uruguayas propone la reparación integral de los vehículos y la implantación de un sistema de ventilación (aire acondicionado o calefacción y ventiladores). En lo referente a la parte mecánica, se estudiará la sustitución de la caja de cambios por una nueva o, en caso de no adaptarse al motor, el reemplazo del conjunto caja de velocidad-motor por elementos nuevos. Es importante señalar que los coches serian sustituidos por nuevo material rodante una vez amortizada la reparación de los mismos y efectuada la renovación de la vía. El personal de conducción deberá ser instruido y aprobado por AFE para cumplir el servicio. Tanto la operativa como el mantenimiento de los vehículos estará a cargo de LFU sin costo alguno para AFE.